Székesfehérváron – a kutatások jelen állása alapján – 1230 körül alapítottak egy rendházat a ferencesek a Budai külvárosban, azaz pár évtizeddel korábban, és nem IV. László uralkodása idején, ahogy azt a rendi hagyomány tartja. A rend fehérvári custodiájába (több, közeli kolostor igazgatását ellátó „őrségébe”) tartozott a budai és a pesti rendház is. A custodia elnevezése arra utal, hogy az 1260-as években már bizonyítottan működő budainál korábban alapították a fehérvári kolostort. Ráadásul a ferences rendi gyűlést 1261-ben a koronázóvárosban tartották, ami szintén egy már létező rendház jelenlétét feltételezi.
A ferences rendi Szent Miklós prépostság középkori épületét a XX. század elején előkerült leletek alapján az egykori Vásártérre tehetjük gondolatban, valahol a mai Igazságügyi palota (az 1902-ben épült Törvényház) és a(z 1920 óta működő) II. Rákóczi Ferenc Általános Iskola területén állhatott. Amikor Szulejmán szultán Székesfehérvár ostromának tizenkettedik napján, 1543. szeptember 2-án elfoglalta a Budai külvárost, a ferences kolostor az ostrom során felrobbant. (Más források szerint ez csak Székesfehérvár 1601. évi, kérészéletű visszafoglalásakor történt meg.)
Ezért azt követően, hogy Székesfehérvár 1688. V. 19-én felszabadult a török iga alól, a visszatérő ferencesek számára Batthyány Ádám fővezér és Vánosy Lőrinc, teljhatalmú kormánybiztos a régi prépostság házát és a mellette lévő kápolnát jelölte ki lakóhelyül és az istentiszteletek végzésére. Két év múlva (1690-ben) azonban Müller Ferenc, székesfehérvári prépost okmányokkal igazolta, hogy a ház az ő tulajdonában áll. Vánosy Lőrinc ekkor – jobb híján – a törökök egykori fegyvertárát ajánlotta fel a barátoknak, mely a mai Városház téren állt, s a mondott épületre vonatkozó használati jogukat I. Lipót is megerősítette 1691. VIII. 13-án.
A városi tömlöc ekkoriban a ferencesek háza mellett vetett árnyékot. Annyiból szerencsés volt a két építmény együtt állása, hogy a szökött rabok, az üldözöttek előszeretettel használták ki a templom közelségét, hogy a franciskánusoktól kérjenek menedékjogot. A házfőnök 1701-ben kidöntötte a rendház előtt magasodó pellengért, a hatóságok viszont azt tiltották meg, hogy menedékben részesítsék az az iránt folyamodókat.
A következő években sok változás nem történt a koldulórend fehérvári történetében. Igaz, hogy már 1702-ben 100 forint támogatást szavazott meg a megyei tanács egy ferences templom felhúzásának támogatására, ám csak 1720-ra erősödött meg annyira a rend – illetve gyűjtött össze annyi donációt: a városi tanácstól például 72 forintot –, hogy hozzáfogjanak új templomuk megépítéséhez, melynek alapkő-letétele 300 évvel ezelőtt, 1720. IX. 21-én történt meg ünnepélyes keretek között. Az alapkőbe Szent Imre ereklyéjének egy darabkáját is beleillesztették, amit az 1718-ban tartományfőnöknek kinevezett Sebacher Kapisztrán János áldott meg, majd helyezett el.
A megye azonban nem csak készpénzzel támogatta a ferencesek rendházának és kolostorának építését. Egy adat arról tanúskodik, hogy 1722-ben 40 szekérrel fuvarozták a gerendákat Adonyból Fehérvárra. Egy évtizeddel később újabb 57 szekérnyi nyersanyag leszállítását támogatták, ahogy 1742-ben is közmunkában szállították a koronázóvárosba a Dunán Adonyig leúsztatott szálfákat. Emellett az is könnyítette az építési munkák megszervezését, hogy 1735-ben már biztosan működött a rend birtokában lévő téglaégető.
A falakkal 1730-ra készültek el. Ez év VI. 18-án a fehérvári házat konventté nyilvánították, és Szent Imréről nevezték el a templommal együtt. Feltehetően az is szerepet játszott ebben, hogy a közelében állt egykor Szent Imre kápolnája. Ugyanis az akkori hagyomány szerint ezen a helyen emelkedett a X. században I. István király fehérvári „palotája”, és itt született Imre herceg is. A homlokzat közepére állítottak is egy Szent Imre-szobrot, messzire hirdesse, kinek a védnöksége alatt áll a templom.
1741. VII. 13-án elkezdték lebontani a templom közvetlen közelében lévő lakóházakat, szám szerint hármat. 1742-ben már épült a szentély Hatzinger Pál és Kotz Ferenc kőművesmesterek irányítása mellett, s a következő évben befejezték a templom befedését is. Barokk stílusúnak sorolják az épületet, de nem a klasszikus barokk zászlóvivőjének, mivel a leckeoldalon (azaz a jobb) és az evangéliumi (vagyis a bal)oldalon lévő, két-két utolsó fülke fölött karzat emelkedett, míg az első fülkék – az előbbiekhez képest aszimmetrikusan – szabadon álltak.
Az egyház kisebb tornyára 1743. V. 2-án került fel a kereszt, a következő évben pedig haranggal gazdagodott az építmény: gróf Eszterházy Ferenc adományával. A főoltár megépítéséhez is a patronálásával (1500 forint támogatásával) fogtak hozzá 1745. III. 24-én, a munkálatokkal VIII. 1-re el is készültek. Az oltár felső traktusát ez okból díszíti Eszterházy címere. A főoltár feletti, eredeti Szent Imre-ábrázolás egy ismeretlen itáliai festő alkotása, amit többször is átfestettek az idők folyamán. A XIX. század végére már mindössze néhány angyal sziluettje maradt meg hírmondónak az eredeti képből.
1745. VIII. 1-jén gróf Berényi Zsigmond pécsi püspök szentelte fel a templomot. Az eseményre való ünnepi megemlékezést pedig a pünkösdöt követő nyolcadik vasárnapra tette. Vagyis VII. 5. és VIII. 8. közé. A főoltárt Szent Imre tiszteletére, a mellékoltárokat a Fájdalmas Szűz, illetve Assisi Szent Ferencére konszekrálta. Szent Kelemen és Szent Kolumbinus vértanúk ereklyedarabkáit helyezte el az oltárkövekbe. A rákövetkező években állították fel Nepomuki Szent János, Padovai Szent Antal, a Szent Kereszt és a Keresztet hordozó Jézus oltárait. Ezeken azonban nem szobrok, hanem festmények jelezték, mely szent tiszteletére emeltettek.
Az orgonát és a gyóntatószékeket 1767 folyamán állították be a szentélybe.
Az 1824. évi, pusztító pestisjárvány után évente fogadalmi zarándoklatot indítottak a templomtól a hatnapi járóföldre lévő, Somogy megyei Andocsra, hogy a Boldogságos Szűz előtt hódoljanak. A XX. században már az is előfordult, hogy az öregek, nehezen mozgók vonattal érkeztek a faluvégi kereszthez, majd a búcsújáró nagytemplomba.
1880-ban a sekrestyét, ami addig a főoltár mögött volt, és a Nádor utcára nyílt, két bolthelyiséggé alakították át, amiket bérbe adtak. Az új sekrestye céljára az addig az egyházi szerek és ruhák tárolására használt raktárt alakították át.
Már 1833-ban lebontották a szentély fölötti huszártornyot, a nagytornyot pedig magasabbra emelték, igaz, csak 1886-ban. Utóbbinak a munkálatait Rózsa Ferenc tervezte. A keresztet az átépített toronyra ünnepélyes keretek között emelték fel a templom felszentelésének évfordulóján, VIII. 1-jén.
Szó volt már róla, hogy a főoltár Szent Imre-képét az idők folyamán többször átfestették. 1884-ben például Rőmann János akadémiai festő is teljesen új, modern felfogásban örökítette meg az oltárképen Szent Imre találkozását Szent Mórral, akit ez alkalomból hétszer megcsókolt. A festmény felső elosztásában pedig Imre megdicsőülését ábrázolja. Az átfestést követően, X. 26-án a megyéspüspök szentelte fel az épületet.
1892-ben alkotta Fadrusz János azt a Krisztus a keresztfán című szobrot, melynek alumíniumöntvény-kópiája a templom Városház tér felőli oldalát díszíti. (Az eredeti alkotás, melynek több másolata is létezik országszerte, az 1892-es Téli Tárlaton elnyerte a Képzőművészeti Társulat 1000 forintos díját.)
Időközben a mellékoltárokra szobrok kerültek (a Jézus Szíve oltárára 1892-ben, Padovai Szent Antaléra 1901-ben), a festményeket pedig éppen ezért eltávolították. Csupán a Fájdalmas Szűz oltárán maradt meg a piktúra. A Szent Kereszt és a Keresztet hordozó Jézus oltárát pedig megszüntették.
Egy 1909-es forrás arról tájékoztat minket, hogy 34 szoba és 19 mellékhelyiség alkotta a ferencesek rendházát és templomát magába foglaló épületegyüttest.
1928. XII. 7-én kapott engedélyt a rend egy új lejárat kialakítására az altemplomhoz, melynek kriptájában XVIII. századi, feliratos koporsófülkék találhatóak. (Érdekesség, hogy 1724-ben még egy pékség működött a kripta mellett, de el kellett onnan költöztetni, mert a friss kenyér az altemplomból felszálló párát a pórusaiba vonzotta.)
Az 1929. évi, Lohr Ferenc irányította átalakítás során a Nádor utcára nyíló egyik bolthelyiséget visszaalakították sekrestyévé, az utcára nyíló ajtót befalazták, az előcsarnokból nyíló ajtót pedig szabaddá tették. Mind a sekrestye bejáratánál lévő, mind a szentélybe vezető, barokk ajtó Lehner Pál székesfehérvári műasztalos keze munkáját dicséri. A régi ajtót is ekkor falazták be a templom déli oldalán, s újat nyitottak az utolsó ablak alatt. Ide, ehhez a bejárathoz építették a lépcsőzetet is.
A szimpla ablakokat duplákra cserélték ki. A barokk stílus hagyományait erősítő átalakítások során az összhangot megbontó Szent Antal oltára, a Lourdes-i Szűz barlangja és a Jézus Szíve oltár helyett újakat készítettek, melyek egységessé varázsolták a belteret.
A két világháború között rendre e tárgyalt, „barátok templomának” is nevezett szentély előtt gyülekeztek a vasárnapi mise után a nagygazdák és a napszámosok. Ekkor ejtették meg a napszámosok „kiszólítását” a következő heti munkákra.
1938. V. 19-én egy, a török iga alóli felszabadulás emlékét megörökítő domborművet építették a rendház oldalához, Medgyessy Ferenc Törökkút elnevezésű plasztikáját, mely az esemény 250 éves évfordulójára készült. A csatajelenetet ábrázoló kőrelief alatt egy csorgó – amikor épp működik – nyújt enyhet a szomjazóknak.
A II. világháború során e templom tornya és tetőzete is megsérült, a javítási munkákat azonban 1948-ig elvégezték. 1952-ben pedig, a vallásgyakorlást a nép ópiumaként definiáló korszak zenitjén terv készült arra, hogy leánytanoncotthonná alakítsák át a templomot. A kollégium mellett a Dunavidéki Vendéglátó Vállalat konyhája is az épületegyüttes területén működött, és irodákat is nyitottak benne. A mai napig várja az olvasókat a Püspöki palotával szemben kialakított Barátok boltja, mely főleg kegytárgyakat és vallásos kiadványokat árusít.
Végh Ákos László